قامت السلطات اللبنانية باحالة التحقيق انفجار مرفأ بيروت إلى مجلس القضاء الأعلى في لبنان، وهو أعلى سلطة قانونية في البلاد ولا يمكن الطعن في قراراته، بعد رفضها إجراء تحقيق دولي مستقل، وذلك على الرغم من أن سفير فرنسا في لبنان قال إن 46 ضابطا فرنسيا يساعدون في التحقيقات لضمان حيادها. وعقب الانفجار تم اعتقال حوالي 20 شخصا، بمن فيهم مدير الجمارك اللبنانية ورئيس ميناء بيروت. وأفادت تقارير بأن الأجهزة الأمنية حذرت كلا من رئيس الوزراء والرئيس ميشال عون من خطر وجود كميات كبيرة من نترات الأمونيوم في مرفأ بيروت قبل أسبوعين من وقوع الانفجار.